Byakugan

Pemilik Byakugan adalah para anggotan keluarga Hyuuga. Mereka memiliki mata yang putih dan pupil berwarna hitam yang hanya terlihat saat mereka menggunakan Byakugan. Saat menggunakan Byakugan, pupil mereka terlihat dan otot di sekitar mata mereka menegang. Pemilik mereka dapat melihat dengan radius 360 derajat, kecuali pada bagian tengkuk.

Sharingan

Pemilik Sharingan adalah para anggota keluarga Uchiha, kecuali Hatake Kakashi. Sharingan diperkirakan berasal dari Byakugan,namun ternyata itu hanya mitos, jadi Sharingan memiliki kemampuan yang berbeda. Sharingan diketahui tidak dimiliki dari lahir seperti Byakugan dan hanya dapat diwarisi oleh para pria dari keluarga Uchiha. Sharingan terutama dapat meniru jurus-jurus dengan tepat, sejauh jurus itu sesuai dengan kemampuan pemilik Sharingan. Pemilik Sharingan juga dapat membuat ataupun menangkis dimensi Genjutsu. Pemilik Sharingan antara lain adalah Uchiha Sasuke, Uchiha Itachi, Uchiha Madara/Tobi, dan Hatake Kakashi.

Jenis Sharingan terkuat adalah Mangekyou Sharingan, seperti dimiliki oleh Uchiha Madara, Uchiha Itachi,dan Hatake Kakashi. Untuk menaikkan level Sharingan menjadi Mangekyou Sharingan, pemilik Sharingan harus membunuh sahabat terdekatnya .Mangekyou Sharingan dapat memerangkap musuh dalam dimensi Genjutsu dan menyiksanya, ataupun memasukkan musuh ke dalam dimensi Sharingan seperti yang dilakukan Hatake Kakashi saat melawan Deidara. Walaupun amat kuat, pemilik Mangekyou Sharingan lama-kelamaan akan menjadi buta seiring dengan seringnya ia memakai kekuatan Mangekyou Sharingan,kecuali jika ia membunuh saudara kandungnya yang juga memiliki kekuatan Sharingan.

Rinnegan

Rinnegan adalah mata terkuat yang pernah ada. Rinnegan pertama kali dimiliki oleh pendiri dunia Ninja dan pencipta ninjutsu, Rikudou-Sennin. “Rinne” sendiri berarti perputaran kehidupan, kematian, kebangkitan yang tak pernah berakhir. Rinnegan memiliki pupil yang merupakan lingkaran berlapis dan dapat mengontrol chakra musuh. Rinnegan diketahui dimiliki oleh Pein, pemimpin Akatsuki.Rinnegan tidak dapat membuat pemakainya buta tidak seperti sharingan. Malah rinnegan membuat Pein dapat menguasai setiap teknik yang diajarkan oleh Jiraiya dulu, mahir dalam menggunakan semua 6 tipe chakra, memiliki keahlian menggunalan ninjutsu tipe apapun yang dia inginkan sejak berumur 10 tahun.Jika rinnegan sedang digunakan,pada mata pemakainya nampak lingkaran berlapis.