Dalam manga Naruto terdapat desa-desa di mana para ninja berlatih. Desa desa ini disebut desa tersembunyi karena berada jauh dari pusat peradaban negara tempat desa itu berada. Setiap negara menaungi satu desa; contohnya Konohagakure dinaungi negeri api. Nama desa dan negeri yang menaungi mereka tidak selalu sama, contohnya negeri api menaungi desa daun, negeri angin-desa pasir, negeri air-desa kabut, negeri petir-desa awan dan desa tanah menaungi desa batu. Desa-desa tersebut merupakan 5 desa besar yang berhak memiliki seorang kage (bayangan) sebagai seorang pemimpin. Di samping itu ada pula desa-desa kecil tanpa dipimpin oleh kage.

Berikut ini adalah nama-nama desa yang termuat dalam Naruto.

Konohagakure

Konohagakure.

Konohagakure adalah nama sebuah desa fiksi dari serial anime dan manga Naruto. Konohagakure merupakan desa kelahiran Naruto Uzumaki, tokoh utama cerita ini, dan termasuk dari desa militer dengan elemen api. Desa ini adalah desa terkuat dari semua desa yang ada di dunia Naruto. Desa ini memiliki banyak ninja kuat. Pemimpin desa ini bergelar Hokage, dan konon sebutan ini merupakan salah satu sebutan yang diperuntukkan bagi kelima ninja legendaris yang dapat menggunakan satu dari lima element, yaitu api, air, tanah, angin, udara, Desa Konohagakure memiliki beberapa keistimewaan, misalnya tempat diselenggarakannya ujian Chunnin. Desa ini pernah diserang oleh Kyubbi, sebelum Yondaime menyegelnya ke dalam tubuh Naruto.

Selama ini yang memimpin desa Konoha adalah Tsunade, Hokage Kelima sekaligus legenda sannin dari 3 legenda sanin. Dia adalah cucu dari Hokage Pertama, dan murid dari Hokage Ketiga. Desa konoha adalah desa yang subur dan makmur, dan banyak menciptakan para shinobi yang kuat. Sejak penyerbuan Orochimaru dan para ninja serta shinobi Suna, Konoha mulai berusaha dengan keras untuk membenahi desa, apalagi sejak Hokage ketiga wafat, Konoha mulai membenahi dirinya dan juga memeperketat penjagaan.

Konoha mulai dikenal karena Hokagenya; mereka mempunyai cerita sendiri yang sangat terkenal; yang pertama adalah cerita tentang Hokage Pertama, dia adalah orang yang bisa mengalahkan Madara Uchiha nenek moyang klan Uchiha. Madara sebenarnya sahabat Hokage Pertama yang sama-sama membangun konoha tapi pola pikiran mereka sangat berbeda. Hokage Ketiga adalah guru dari 3 legenda sannin. Beliau adalah Hokage yang terkenal sangat bijaksana dan juga pernah mengajarkan jurus yang digunakan untuk menyegel Kyubi pada Hokage Keempat. Dengan jurus itu Kyubi bisa disegel, dan dengan jurus itu Hokage bisa mengunci tangan Orochimaru ketika terjadi penyerbuan ke desa Konoha. Hokage Keempat adalah murid dari Jiraya, juga salah satu dari legenda sannin seperti Tsunade. Dialah yang bisa menyegel monster Kyubi ke dalam tubuh Naruto meskipun harus mengorbankan nyawanya sendiri. Ia adalah Hokage yang menciptakan Rasengan yang sekarang menjadi jurus andalan Naruto. Hokage Keempat adalah ayah dari Naruto itu sendiri. Ada desas desus bahwa Hokage Keempat adalah Ketua Akatsuki. Meskipun begitu dia adalah orang yang sangat hebat. Yang terakhir adalah Godaime atau Hokage Kelima, dai adalah salah satu dari 3 legenda sannin, meskipun umurnya sekitar 50 tahun tapi ketika melihatnya wajahnya seperti masih umur 20 tahunan. Saat ini belum ada cerita tentang Hokage Kedua, meskipun begitu Konoha akan terus bertekad menjadi sebuah desa besar yang sangat besar dan pencetak para ninja dan shinobi yang kuat dan memiliki hati dan budi yang luhur.

Otogakure

Otogakure, atau Desa Oto, adalah nama sebuah desa fiktif yang terdapat dalam komik dan anime Naruto. Diceritakan, Otogakure adalah desa musuh bebuyutan Konoha. Desa ini didirikan oleh Orochimaru ketika melarikan diri dari konoha sebagai pusat penelitian terhadap teknik terlarang dan sarana militer buatnya. Walaupun baru berdiri, desa ini telah punya kekuatan militer yang sangat tangguh.Dari tempat ini,banyak shinobi dikumpulkan dari Klan Fuuma.Desa Otogakure pernah bersekongkol dengan Desa Sunagakure untuk menghancurkan Desa Konoha.

Sunagakure

Sunagakure.

Sunagakure adalah nama sebuah desa fiktif yang terdapat dalam manga dan anime Naruto. Desa yang beraliansi dengan Konoha ini diberi gelar desa elemen pasir namun berda di desa angin sehingga banyak shinobi dari desa ini yang menggunakan teknik pasir dan angin. Desa ini dominan terisi dengan pasir dan itu sangat menguntungkan Gaara, Kazekage sekaligus Jinchuuriki bijuu ekor satu, karena Gaara adalah seorang pengendali pasir.Desa ini tetap mendapat perhatian karena mempunyai ninja-ninja yang kuat.Desa Sunagakure pernah bersekongkol dengan Desa Otogakure.Akatsuki dari desa ini adalah Sasori

Kirigakure

Kirigakure adalah nama sebuah desa fiksi dalam anime dan manga Naruto. Kirigakure dijuluki sebagai desa air sebab kebanyakan shinobi di desa ini menggunakan elemen air sebagai jutsu mereka. Banyak di antara mereka yang bekerja pada seorang pengusaha yang bernama Gato. Gato adlah seorang penjahat yang memanfaatkan Zabuza untuk merebut negara Nami. Akatsuki dari desa ini adalah Kisame Hoshigaki.

Kumogakure

Kumogakure (“desa tersembunyi diantara awan-awan”, lambang: ) adalah sebuah nama desa fiksi anime dan manga dalam serial Naruto yang terletak di Negeri Petir. Sebagai bagian dari 5 desa terbesar ninja, Kumogakure mempunyai seorang kage, yaitu Raikage. Di masa lalu, saat Kumogakure dan Konohagakure sedang berperang, salah satu shinobi dari desa ini mencoba untuk menculik Hinata Hyuga, namun gagal dan berakhir dengan dematian ayah Neji. Pada umumnya, ninja Kumogakure menguasai elemen petir secara dominan. Terdapat juga jinchuuriki di Kumogakure, yaitu Yugito Nii, pemilik Nibi (siluman berekor dua). Yugito mengklaim bahwa Ia adalah shinobi terkuat kedua di desanya, namun akhirnya Ia tetap jatuh ke tangan Akatsuki. Menurut Kabuto, tidak ada shinobi dari Kumogakure yang mengikuti ujian Chuunin.

±== Hoshigakure== Desa ini mempunyai cakra dari bintang.Hokage ke-5 pernah mengirimkan misi ke Hoshigakure,Hokage ke-5 memerintahkan Naruto,Neji,Rock Lee,dan Tenten.Untuk menjaga bintang yang diincar shinobi desa lain.Disini Naruto bersahabat dengan shinobi Hoshigakure bernama Shumaru

±== Iwagakure == Desa ini merupakan desa fiktif di anime Naruto.Desa ini tersembunyi di antara bebatuan.Desa ini jarang muncul di anime Naruto,ninja desa Iwagakure mengandalkan elemen tanah.

Desa-desa shinobi (忍の里) atau desa-desa tersembunyi ((隠れ里) adalah desa-desa ninja yang berperan sebagai kekuatan militer untuk negara mereka. Setiap desa tersembunyi menjaga perekonominya dengan melatih warga negaranya untuk menjadi ninja, mulai dari kecil hingga menggunakan mereka sebagai kekuatan dalam berbagai misi, yang kemudian, mereka akan dibayar setiap kali melakukan misi-misi tersebut, dari mencabuti rumput liar untuk sebuah single payment hingga ‘gaji tetap’ dari negara dimana mereka tinggal apabila mereka menjadi tentara ketika seandainya negara terlibat perang. Desa-desa tersembunyi di lima negara utama dipimpin oleh seorang Kage.